Pausenregelung / Überstunden

In meiner Firma, in der ich seid 08.2009 beschäftigt bin, gibt es keine einheitliche Arbeitszeiterfassung. Wir füllen ein Excelsheet mit den Arbeitszeiten, Urlaub und Gleitzeit aus. Dies mache ich seid dem ersten tag. Es wird jeden Monat vom Vorgesetzten unterschrieben. Ich bin im IT Sektor tätig, und habe somit auch sehr unterscheidliche Arbeitszeiten und Dienstreisen. nun habe ich es in der vergangenheit so gehandhabt, dass ich die nach 6, bzw. 9 Stunden anstehenden Pausen nicht eingetragen habe, weil ich erstens nicht immer zeit habe und zweitens, wenn ich etwas esse, dies neben der Arbeit her mache, ohne den Arbeitsplatz zu verlassen. Nun habe ich seid 4 Monaten einen neuen Chef, der bis her auch alle Stundenzettel so unterschieben hat. Diesen Monat nun hat er mir meine Ganzen Mehrstunden mit den nicht gemachten pausen Verrechnet und behauptet ich würde so unrechtmäßig mehrstunden produzieren. Nun will man ,mr so wie es aussieht alle meine Überstunden streichen, und wer weiß was sonst noch kommt. Auf jeden Fallm eine Frage:
Wenn ich die Pausen durcharbeite, und somit von 8 Uhr bis 17 uhr auf 9 Stunden komme, habe ich dann meinen AG mit Mehrarbeit betrogen (Ich habe die Pausen nicht gemacht). Oder müßte ich jetzt die Pausen in das Excelformular eintragen und sie als Arbeitszeit hinten anhängen, damit ich den gesetzl Pausenregelungen gerecht werde ? Was mach ich wenn ich gar keine Zeit habe Pausen zu machen? Kann mir mein Arbeitgeber deshalb meine Überstunden aberkennen oder gar mich gar abmahnen oder kündigen? Wenn ich wirklich Pause gemacht habe, oder Essen gegangen bin, dann habe ich es als Pause eingetragen.

Wäre schön, wenn mir hier jemand weiterhelfen könnte.
Da mein Chef jetzt von mit verlangt, dass ich alle Gleitzeitanträge (auch die schon genehmigten) plötzlich
in Urlaub umzuwandeln.