Werbungskosten Dienstwagen auf Basis Gehaltsverzicht

Liebe(r) Steuerberater/in,

nachdem ich als Laie im Internet und div. Aussagen von Kollegen hinsichtlich der steuerlichen Aspekte eines Dienstwagens
nicht weiter komme, bräuchte ich bitte nach Zustellungsbescheid der Einkommenssteuer 2012 eine professionelle, verlässliche Aussage.

Situation:
Meine Firma stellt mir (IT-Consultant) einen Dienstwagen auf Basis Gehaltsverzicht. Sämtliche Kosten (Leasing, Benzin, Versicherung, etc.) trage ich per Brutto-Gehaltsverzicht.
Die 1%-Regelung wird angewandt, 0,03% triff nicht zu, da ich nicht mehr als 42 Tage/Jahr im Büro des AG bin. Der Dienstwagen darf auch privat genutzt werden, wird aber zu 90% beruflich für Fahrten zum Kunden genutzt. Fahrtenbuch ist vorhanden. Täglicher Einsatzort liegt ca. 100 km vom Wohnort entfernt. Firmensitz des AG liegt in etwa auf halber Wegstrecke wird aber nicht angefahren (bin mir nicht sicher ob dies relevant ist, aber ich wollte es erwähnen).

Einkommenssteuerberrechnung:
Ich habe WISO genutzt um die Einkommenssteuererklärung für 2012 zu erstellen.
Als Werbungskosten habe ich die KM hin und zurück x 0,30 € zum Kunden angesetzt und als Anlage eine Bestätigung des AG beigefügt:
\\\"Wir bestätigen hiermit, dass das Dienstfahrzeug mit dem amtlichen Kennzeichen A-BC 1234 auf Basis von Gehaltsverzicht und nicht als Zusatzleistung überlassen wurde. Das KFZ darf auch privat genutzt werden\\\".

Einkommenssteuerbescheid:
\\\"Die Reisekosten bezüglich des Firmenwagens wurden nicht berücksichtigt, weil Ihnen keinerlei Aufwendungen entstehen\\\"

Neben der generellen Frage ob sich ein Einspruch lohnt, würde ich gerne erfahren wie der Dienstwagen korrekt anzusetzen wäre:

1. War meine KM-Kalkulation wie oben erwähnt korrekt? Ich vermute nicht (Fahrtenbuch noch nicht eingereicht, da \\\"Schnellerfassung\\\")
2. Da ich faktisch jeden Arbeitstag beim gleichen Kunden verbringe, gilt dies als \\\"Arbeitsstätte\\\" und wäre somit die Entfernungspauschale (trotz Dienstwagen) korrekt?
3. Die tatsächlichen Kosten vom AG bestätigen lassen und diese dann als Werbungskosten ansetzen, unabhängig von tatsächlich beruflich gefahrenen KM? Wenn ja, was benötige ich hierfür genau vom AG?
4. Die beruflich gefahrenen KM (Fahrtenbuch) abrechnen und im nachhinein gegen die 1%-Versteuerung verrechnen, dies erscheint mir am kompliziertesten, da laut tel. Auskunft der FA-Mitarbeiterin die gefahrenen KM und die tatsächlichen Kosten gegen die KM gerechnet werden müssen.

Unabhängig welcher Weg der korrekte ist, würde ich mich über eine Empfehlung freuen, ob ich die notwendigen Schritte im Anschluss per WISO erledigen kann oder einen persönlichen Termin beim Steuerberater, bzw. Lohnsteuerhilfe machen sollte.

Vielen Dank im voraus und viele Grüße.