arbeiten in der Schweiz

Was ist Recht und Richtig?
Folgender Vorfall.
Die Firma Kell aus Mannheim schließt mit der Firma I. in der Schweiz einen Rahmenvertrag.
Herr Kell ist als freiberuflicher Mitarbeiter in der Schweiz bei der Firma I. tätig. Er kommt nur am Wochenende nach Hause. Wohnt also in der Schweiz. Und hat hier ein Gewerbe angemeldet.
Herr Kell meldet in der Schweiz eine Firma an und arbeitet für die Firma s in der Schweiz als freiberuflicher Mitarbeiter. Er sendet die Stundezettel aus seiner Arbeit nach Deutschland. Dazu stellt er eine Rechnung. Die Rechnung wird an Herrn Kell beglichen und eine Rechnung an die Firma I. in der Schweiz gesandt.
Herr Kell versteuert sein Einkommen in der Schweiz. Die Firma Kell in Mannheim hat die Einnahmen und die Ausgaben ordnungsgemäß verbucht.
Nach einigen Jahren erfolgt eine Buchprüfung. Dabei kommt das Finanzamt in Mannheim zu dem Schluss, das, dass gesamte Einkommen in Deutschland zu versteuern und nicht in der Schweiz.
Daraufhin hat der Steuerberater alle Jahre aufgearbeitet und die kompletten Einnahmen als Einnahmen in Deutschland verbucht und nicht die ausländischen Einnahmen gesondert ausgewiesen.
In den meisten Abkommen zur Vermeidung der Doppelbesteuerung, so auch mit der Schweiz, ist geregelt, dass das Arbeitseinkommen dort besteuert wird, wo die Arbeit körperlich ausgeübt wird. Eine Ausnahme davon bilden die sog. Grenzgänger, die so gut wie täglich in ihr Wohnsitzland zurückkehren. Wer an mehr als 60 Tagen im Jahr aus beruflichen Gründen nicht an seinen Wohnsitz zurückkehren kann, ist keiner der Ausnahmefälle mehr und gilt somit nicht als Grenzgänger. In diesen Fällen besteuert das Land, in dem die Arbeit ausgeübt wird.

Wie kann ich mich gegen die neuen Bescheide währen und was ist eigentlich richtig?